Вот часть кода, все переменные есть, не могу понять проблемы. Если что-то надо, то спрашивайте, отвечу, заранее Проблема: Program3.pas(48) : Ошибка времени выполнения: Индекс находился вне границ массива.

Первое у тебя не заданно ee и n. Второе: эта ошибка говорит ,что у тебя в массиве нет объекта с таким индексом.

1. Современный эффективный код

PascalABC.NET 3.3.5, сборка 1659 от 09.04.2018
Внимание! Если программа не работает, обновите версию!

begin
  var (x,y):=ReadInteger2('Введите через пробел два числа:');
  if (x<0) or (y<0) then Writeln('Ввод отрицательных чисел недопустим')
  else begin
    while y>0 do (x,y):=(y,x mod y);
    Writeln('НОД=',x)
    end
end.

Примеры
Введите через пробел два числа: 14 -2
Ввод отрицательных чисел недопустим

Введите через пробел два числа: 32 76
НОД=4

2. Традиционный "школьный" код

var
  x,y,t:integer;

begin
  Write('Введите через пробел два числа: ');
  Read(x,y);
  if (x<0) or (y<0) then Writeln('Ввод отрицательных чисел недопустим')
  else begin
    while y>0 do begin
      x:=x mod y;
      t:=x; x:=y; y:=t
      end;
    Writeln('НОД=',x)
    end
end.

Var a,b,i,nod:integer
Begin
a:=-1;
b:=-1;
//ввод первого числа
Writeln('Введите первое число');
While a<0 do
begin
readln(a);
if a<0 then writeln('Ввод ошибочен, повторите ввод первого числа');
end;
//ввод второго числа
Writeln('Введите второе число');
While b<0 do
begin
readln(b);
if b<0 then writeln('Ввод ошибочен, повторите ввод второго числа');
end;
//определение минимального числа
if a>b then i:=b else i:=a;
//перебор чисел от минимального до 0 (т.к. НОД не может быть больше минимального числа)
While nod=0 do
begin
i:=i-1;
if (a mod i = 0) and (b mod i = 0) then nod:=i;
end;
//вывод НОД
Writeln('НОД ', a,' и ', b, ' = ', nod);
end.