Объясните, почему российские монархи в период образования Русского централизованного государства (Иван III - Иван IV) стремились ограничить позиции боярства и церкви и опирались в этой борьбе на дворянство?

Позволю себе небольшую поправку: в период образования Русского централизованного государства правители носили титул "Князь".

Великие князья стремились ограничить позиции боярства и духовенства потому, что: к моменту объединения княжеств бояре и духовенство занимали господствующие позиции в обществе. Бояре и православные монастыри по сути были крупными землевладельцами. Когда-то возникновение крупных боярских вотчин послужило одной из причин распада раннефеодальной Киевской Руси.