Строение эвглены зеленой достаточно простое, напоминает строение всех растительных жгутиковых организмов. В клетке находится одно оформленное ядро, окруженное ядерной оболочкой. В цитоплазме находится множество хроматофоров - особых органоидов, содержащих необходимый для осуществления фотосинтеза пигмент хлорофилл и обеспечивающих возможность этого процесса. По ультрамикроскопическому строению хроматофоры напоминают хлоропласты в клетках высших растительных организмов. Эвглена зеленая к фотосинтезу только при наличии света. В условиях темноты представители вида переходят к гетеротрофному (сапрофитному) типу питания (сходство с животными организмами). Также при отсутствии света E. viridis может терять зеленую окраску. Так называемый "глазок" (стигма) позволяет простейшему воспринимать свет. В качестве запасного питательного вещества эвглена зеленая использует парамил - похожий на крахмал углевод, локализованный в цитоплазме. Регуляция осмотического давления и частично выведение продуктов жизнедеятельности осуществляется с сократительной вакуоли.